基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
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在京都居住的内向男高中生直实（北村匠海 配音）的面前，突然出现从10年后穿越而来26岁的自己（松坂桃李 配音）。未来的直实告诉他，自己不久便会与琉璃（滨边美波 配音）相爱，可是之后烟花大会时她却会因为一场事故意外离世。
皮皮鲁兄妹在自家衣柜发现309暗室，打开后遇到了科学家“觅工”并得到“致聪盔”。皮皮鲁将“致聪盔”戴到了宠物“大傻”的头上后，城市陷入瘫痪。皮皮鲁和家人齐心协力战胜“大傻”，魔方市恢复了原来模样。
